Kubo è un cantastorie. Di giorno al villaggio suona e canta le gesta di storie senza un finale, animate davanti al suo pubblico di strada tramite origami; di notte invece si nasconde da un nemico occulto che lo cerca per privarlo dell'unico occhio che gli rimane (l'altro è bendato): il nonno. 

Ultimo di una famiglia legata alla magia, vive con una madre che sembra aver perso ogni forza per lottare e che, quando il nonno li troverà, scompare nel tentativo di far scappare il figlio. Inizia così il viaggio di Kubo, assieme a uno scarafaggio gigante e una scimmia, alla ricerca di un elmo, un'armatura e una spada che insieme gli consentiranno di sconfiggere l'ingombrante nonno.

Mascherata, tradotta, celata e messa in forma di allegoria, c'è una storia di formazione e di abbandono del nido familiare dietro Kubo e La Spada Magica. E quanto più questo cartone animato in stop motion aggiunge strati che impediscano di scorgere davvero la sua natura, tanto più sembra caricarsi di un senso romantico e perduto. Più cioè si allontana dalla propria essenza (un ragazzo diventa un uomo emancipandosi dalla propria famiglia), più riesce a raccontare questo passaggio condendolo con un'epica presa direttamente dall'intimità inconfessabile di ognuno. 

Alla ricerca dei tre elementi che lo libereranno dalla persecuzione del retaggio del nonno, Kubo perde e ritrova i suoi genitori, affronta il peso delle proprie radici e ne esce talmente vincitore da non aver bisogno di annientare il nemico, ma da potersi permettere di inglobarlo, creando un rapporto sereno con il proprio passato.